从下伽蓝出发经过女人堂，大约60分钟后登上山道便能到达醍醐寺的创始地——上醍醐。

现在的上醍醐，以西国三十三观音圣地第十一处巡礼寺的准胝堂为中心，五大堂(不动堂)、药师堂(国宝)、开山堂(重点保护文物)、如意轮堂(重点保护文物)、清泷宫拜殿(国宝)等众多被指定为国宝、重点保护文物的殿堂散布在其周围。

位于上醍醐中心的准胝堂，据说始建于贞观十八年，现存的建筑物是在昭和四十三年重新修建的。虽然主佛准胝观音菩萨是秘藏佛像，但是每年5月18号都会举行开龛佛事，开龛期间为此日的前后三天。

五大堂的正殿，供奉着以不动明王为首的五大明王。每年2月23号以“五大力尊”的名义在下伽蓝金堂授予的“御影”，是在五大堂经过一个星期祈祷而得的。

清泷宫拜殿是室町时代的建筑物，它灵活运用了寝殿建筑的手法，具有端庄典雅的风格。它是被建造在山腰之上的正面朝向山崖的悬挂式结构建筑物。

据说准胝堂始建于贞观十八年，现存的建筑物是在昭和四十三年重新修建的。虽然主佛准胝观音是秘藏佛像，但是每年5月18号都会举行开龛佛事，开龛期间只有从17号到19号这三天。

药师堂位于上醍醐伽蓝的中央位置，经受了850年以上的风吹雨打顶立至今。它是强调整体水平感的平稳建筑物，充分表现了平安后期风尚。可惜的是被建造在狭窄的土地上，缺少可以对全景一览无余的地方。

现在的五大堂虽然是在昭和被烧毁后新建的，但是看到它耸立在山上的雄姿，也不难感受到当年被付与“镇护国家”使命的山上密教寺院的气氛。

桃山时代建造的舞台式结构的建筑物

开山堂是用来供奉醍醐寺的创始者——圣宝理源大师的。最初称为御影堂，于延喜十一年(911年)由理源大师的弟子醍醐寺第一代主持观贤建立，之后被烧毁。镰仓时代再建的建筑物也被荒废了。现存的开山堂是庆长十一年(1606年)由丰臣秀赖重新建造的。

建筑物把雄大的桃山时代的特征充分地表现了出来，是山上最大的殿堂。

在开山堂的祭坛上，中央供奉着创始者圣宝理源大师像，左边是弘法大师像，右边是醍醐寺第一代主持观贤僧正像。

开山堂始建初期，供奉着由醍醐寺第一代主持观贤自制的圣宝像。但是因为开山堂的火灾而随之烧毁。现存的圣宝像是镰仓时期开山堂再建时新建造的。

它是由木块镶嵌制作而成的彩色木雕像。